Der VPT ist in der Rechtsform eines eingetragenen Vereins (e.V.) organisiert und beim Amtsgericht in Hamburg, dem Sitz des Verbandes, in das Vereinsregister eingetragen.
Der VPT gliedert sich in Landesgruppen, die bevollmächtigt sind, für den Bereich ihres Bundeslandes Verträge und Vereinbarungen mit Kostenträgern und anderen Einrichtungen abzuschließen.
Jede Landesgruppe hat eine Geschäftsstelle eingerichtet, die die Geschäftsführung der Landesgruppe wahrnimmt. Die Interessenvertretung auf Bundes- und Landesebene ist so gut miteinander verzahnt, dass diese bundesweit einheitlich erfolgt.
Innerhalb der Landesgruppe ist der VPT in Bezirksstellen gegliedert, um möglichst ortsnah Ansprechpartner für die Mitglieder zu bieten. Landesgruppe und Bezirksstellen übernehmen die direkte Betreuung der Mitglieder.
Alle Landesgruppenvorsitzenden bilden den Bundesvorstand, der die Verbandsarbeit leitet und die Beschlüsse der Bundesdelegiertenversammlung durchsetzt.
Er vertritt weiterhin die Ziele des VPT gegenüber den obersten Behörden, Ministerien, Körperschaften und Gerichten sowie gegenüber ärztlichen Verbänden und Organisationen und den Spitzenverbänden der Versicherungsträger wie Krankenkassen und Berufsgenossenschaften.
Auf der Bundesdelegiertenversammlung, die einmal jährlich stattfindet, wählen die Bezirks-vorsitzenden den Bundesvorsitzenden. Dieser überwacht die Arbeit des Bundesvorstandes und legt die Richtlinien für die gesamte Verbandsarbeit fest.
Des Weiteren nimmt die Bundesdelegiertenversammlung den jährlichen Geschäftsbericht entgegen und beschließt über die Entlastung des Vorstandes im Sinne des § 26 BGB und des Bundesvorstandes.